De stichting Antonius Watoto werkt met vaste sponsoren voor de schoolgaande en studerende kinderen en eenmalige giften voor de projecten.
De vaste sponsoren zijn veelal privé-personen of organisaties waaraan (ex-) bestuursleden gelieerd zijn met wie al vele jaren een relatie bestaat.
De pastores van de St. Antonius ziekenhuiskapel collecteren voor de Stichting op continue basis en met deze opbrengst wordt Watoto in staat gesteld doorlopend kleinschalige projecten op het gebied van hygiene te bekostigen.
Het bestuur is alle sponsoren zeer dankbaar voor hun gulle giften. Jaarlijks ontvangen de sponsoren een persoonlijke nieuwsbrief.